全自动软化水设备结合原有软化水设备功能的基础上，更多地实现设备的智能操控。现在市场上的全自动软化水设备常用控制方式有两种，即时间控制和流量控制。时间控制类设备根据实际用水量及设备交换能力来设定再生时间，到达再生时间自动启动再生过程。用户可以根据个人的需求将再生过程设定在自己使用比较为合适的时段，也可以根据需要随时以手动方式启动再生过程该相比与流量控制，该类设备价格便宜，因控制方式简单，易于操作。当然不足之处也是显而易见：由于控制方式简单，一般每24小时只能再生一次，所以该类设备主要适用于硬度低(小于4mmol/l)、用水量稳定(用水量波动不超过15%)、出水要求不高、用水量较小的情况。
不同于时间控制类设备，流量控制类设备则是根据设备的交换能力(总产水量)来设定运行终点。软化水设备运行时由专用的流量计来对流出的水量进行统计。当总出水量达到设定的水量时，控制器就自动开始再生过程。不过，该类设备在设定前需根据树脂总装填量、原水硬度计算出每个周期的总产水量，按该值进行设定。当到达设定水量后，可根据需要立刻进行再生或等待至某一设定时刻后再进行再生。这种软化水设备比时间控制类设备更能适应用水量及水质波动的情况，控制更加准确稳定。该控制方式更适用于燃油、燃汽锅炉、中央空调等要求较高的用水情况。